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Die paläolitischen Kulturen des prähistorischen Japan und ihre Nachfolger im Mesolithikum wurden um 10000 v. Chr. von neolithischen Kulturen abgelöst. Zu diesen zählten die Jomon, von denen einige der frühesten Tonwaren stammen. Ihre häufig üppig verzierten und meist handgedrehten Tontöpfe wurden bei niedrigen Temperaturen gebrannt. Man fand diese Tonreste in ganz Japan; seltener wurden auch feine Steingebäude oder Hütten aus dieser Zeit ausgegraben. Die Jomon lebten als Wildbeuter vor allem von der Jagd, dem Fischfang und dem Sammeln, eventuell gab es bereits auch eine frühe Form der Landwirtschaft. Ihre Gesellschaftsstruktur scheint egalitär gewesen zu sein, mit einigen nur geringen Statusunterschieden.

In offiziellen chinesischen Chroniken wird Japan erstmals während der späten Han-Dynastie erwähnt. Damals wurde aufgezeichnet, dass im Jahr 57 n. Chr. „der Staat der Nu in Wo“ Gesandte zum kaiserlichen Hof geschickt habe und ein Goldsiegel erhielt, das später (1748) in Japan gefunden wurde. Nu war offensichtlich eines von den Dutzenden kleiner Reiche auf dem japanischen Archipel, die in den chinesischen Chroniken in ihrer Gesamtheit als Wo bezeichnet wurden. Die Aufzeichnungen beschreiben eine relativ hoch entwickelte Gesellschaft mit hierarchischer Struktur, Märkte für den Tauschhandel und professionelle Schreiber, die der chinesischen Schrift mächtig waren. Es wird auch eine Königin namens Himiko erwähnt, die ebenfalls in die japanischen Chroniken Eingang gefunden hat. Sie übte ihre Herrschaft in einer Stadt namens Yamatai aus und regierte im Jahr 200 über zahlreiche Staaten. Dies legt die Vermutung nahe, dass die Yayoi in Japan eine matriarchalische Gesellschaft darstellten, in der priesterliche Königinnen beträchtliche Macht innehatten. 

Nach dem Tod ihres Mannes, des Kaisers Chuai – er regierte von 192 bis 200 – übernahm die Kaiserin Jingu, eine legendäre Herrscherin, die später als Göttin angesehen wurde, um das Jahr 200 die Regierung. Die kriegerische Kaiserin soll eine Armee ausgerüstet und einen Teil des heutigen Korea erobert haben. Obwohl sich die Existenz von Jingu historisch kaum nachweisen lässt, deuten einige Inschriften aus dem frühen 5. Jahrhundert tatsächlich auf eine große Expedition hin, die von Wo aus im Jahr 391 durchgeführt wurde. Bis zu dieser Zeit hatte der Yamato-Hof vermutlich eine ausreichende nationale Einheit erreicht und konnte eine Militärexpedition unterstützen, um den japanischen Einflussbereich in Minami auf der koreanischen Halbinsel zu sichern. Das Königreich Paekche im Südwesten Koreas war ein untergeordneter Verbündeter des Yamato-Hofes. Die koreanische Kultur hatte sich unter starkem Einfluss des angrenzenden China bereits zu einem vergleichsweise hohen Niveau entwickelt; während der folgenden Jahrhunderte beeinflusste die Beziehung zwischen Japan und Korea und damit indirekt auch die chinesische Kultur die kulturelle Entwicklung Japans beträchtlich. Chinesische Literatur und Philosophie wurde am Hof von Yamato bereitwillig aufgenommen. Anfang des 5. Jahrhunderts verwendete man hier bereits die chinesischen Schriftzeichen. Um 430 stellte der kaiserliche Hof die ersten Geschichtsschreiber an, und ab diesem Zeitpunkt entstanden verlässlichere Aufzeichnungen.

Bis zum 6. Jahrhundert verlor der Yamato-Hof zunehmend an Einfluss; er konnte seine Macht über die Uji immer weniger ausüben und sah sich auf dem koreanischen Festland einer Niederlage gegenüber. Der regierende Kaiser war 587 vom mächtigen Soga-Clan ermordet worden. Noch zu Lebzeiten des Yamato-Kaisers fand mit der Übernahme des Buddhismus ein äußerst wichtiges Ereignis statt. Diese wird allgemein auf das Jahr 552 datiert, als der König von Paekche buddhistische Priester nach Japan sandte und damit religiöse Bilder, buddhistische Schriften, der Mondkalender und die Methoden der Zeitrechnung im Land Einzug hielten. Die importierte Kultur verwurzelte sich bald fest auf dem Archipel, und während sich die Kontakte zwischen den beiden Ländern nach der japanischen Vertreibung aus Korea im Jahr 562 abschwächten, hatte dies keinen Einfluss auf die religiöse Entwicklung in Japan. Bis zum Beginn des 7. Jahrhunderts wurde der Buddhismus zur japanischen Staatsreligion.

Die Reformen Shotokus wurden von Prinz Naka no Oe, dem späteren Kaiser Tenji, sowie von Nakatomi Kamatari (der spätere Fujiwara no Kamatari) fortgeführt, dem Begründer der Fujiwara. Dieser war maßgeblich an dem Staatsstreich von 645 beteiligt, in dem die herrschenden Soga entmachtet und die so genannten Taika-Reformen eingeführt wurden, die eine Stärkung des Kaiserhauses und die Schwächung der Uji zum Ziel hatten. Die Ländereien der Adelsfamilien wurden zum staatlichen Eigentum erklärt, das an das Volk verteilt werden konnte. Ein großer Rat, der so genannte Dajokan, regierte das Kaiserreich mit Hilfe lokaler Gouverneure, die von der Hauptstadt ausgesandt wurden – auch hierbei lehnte man sich an das chinesische Modell an. Die Niederlage Japans im Jahr 663 bei seinem letzten Versuch, in Korea Fuß zu fassen, beendete diese Expansionsbestrebungen für mehrere Jahrhunderte und forderten von Kaiser Tenji weitere Reformen zur Zentralisierung. Er hatte seine neuen Maßnahmen im so genannten ritsu-ryo-System formuliert, welches sich in die ritsu (Gesetze zur Verbrechensbekämpfung) und die ryo (Gesetze für das zivile Leben und die Verwaltung) unterteilte. Dadurch entstand eine ausgearbeitete staatliche Struktur im ganzen Land, wodurch die Bedeutung der lokalen Adelsfamilien immer geringer wurde. 

Während der Nara-Periode wurden einige der wichtigsten Literaturwerke der Frühzeit geschaffen, darunter die beiden großen nationalen Geschichtschroniken Kojiki (712) und Nihon-shoki (720) sowie die erste große Gedichtsammlung Manyoshu (daneben entwickelte sich auch die buddhistische Kunst maßgeblich weiter). Kaiser Shomu, ein frommer Buddhist, bemühte sich um die Vereinigung von Staat und Kirche und stellte seinen Nachfolger damit vor Probleme. Das ritsu-ryo-System der Taika-Reformen galt zwar nach wie vor, aber Macht und Einfluss der buddhistischen Mönche, ausgehend von den großen Klöstern, wurden immer größer. 784 entschloss sich Kaiser Kammu – er regierte von 781 bis 806 – schließlich, den Einfluss der mächtigen Klöster in Nara zu verringern, indem er die kaiserliche Hauptstadt zunächst nach Nagaoka-kyo und neun Jahre später an den Ort Uda verlegte; dort ließ er die Hauptstadt Heian-kyo, das spätere Kyoto, errichten, das bis 1868 offizielle Hauptstadt blieb. 

Die großen Schulen des Mahayana-Buddhismus, Tendai und Shingon-shu, kamen in dieser Zeit zu großem Vermögen und erheblicher Macht, und entsprechend vielfältig war ihre Schutzherrschaft über die Kunst in dieser Periode. Der Charakter der Regierung änderte sich mit dem Aufstieg der Fujiwara ebenfalls. Die Zentralverwaltung diente den Fujiwara mehr und mehr als Deckmantel; das Land war zu dieser Zeit in große, erbliche Güter eingeteilt, die den Adeligen als steuerfreie Zuwendungen für deren offizielle Ämter überlassen wurden oder die an die großen buddhistischen Klöster angeschlossen waren. Die meisten Bauern zogen es vor, ihre Ländereien an diese Güter anzuschließen, um so der schweren Steuerlast zu entrinnen, die für die Bewirtschaftung öffentlichen Landes zu entrichten war. Auf diese Weise breiteten sich die großen privaten Besitztümer im ganzen Land aus, und die durch die Taika-Reformen geschaffene Ordnung wich zunehmend einem System feudalistischer Land- und Machtaufteilung. 

1156 brach ein Bürgerkrieg zwischen den zurückgezogenen und den regierenden Kaisern einerseits und den jeweils zugehörigen Linien der Fujiwara-Familie andererseits aus; damit erhielten die ritterlichen Adelsfamilien die Chance, ihren Vormachtanspruch durchzusetzen. Nach einem zweiten Bürgerkrieg in den Jahren 1159/60 besiegten die Taira die Minamoto und erlangten von den Fujiwara die Kontrolle über Japan. Der Führer der Taira, Taira no Kiyomori, wurde 1167 zum ersten Minister ernannt und lehnte seine Politik an die der Fujiwara an. Er besetzte die Ämter bei Hof mit Familienangehörigen und verheiratete seine Tochter mit einem kaiserlichen Prinzen. Ihr Sohn Antoku wurde im Jahr 1180 Kaiser. Im selben Jahr richtete ein Reichsfeldherr der Minamoto, Minamoto no Yoritomo, sein Hauptquartier bei Kamakura im Osten Japans ein und begann von dort aus zusammen mit seinem Bruder Yoshitsune einen Aufstand, der letztlich die Taira aus der Hauptstadt vertrieb. Dieser weitere Bürgerkrieg, Gempei-Krieg genannt, dauerte fünf Jahre und endete 1185 mit der Seeschlacht von Dannoura, in der Nähe des heutigen Shimonoseki in der Inlandsee, bei der die Taira vernichtend geschlagen wurden und auch Kaiser Antoku ertrank. Yoritomo wurde nun zum Herrscher über Japan und beendete damit die Ära kaiserlicher Verwaltung und zugleich die Heian-Periode. Er errichtete eine Militärherrschaft, die Japan während der folgenden sieben Jahrhunderte regieren sollte. 

Die Hojo behielten ihre Herrschaft mehr als 100 Jahre. Ihre Statthalter und Verwalter in den Provinzen gewannen Macht über private Ländereien und deren Eigentümer. Sie verbanden sich mit ihnen und bildeten neue Ritterstände, die Daimyos, die die Autorität des Schogun untergruben. 1274 und erneut 1281 versuchte das Mongolische Reich unter Kublai Khan, das damals bereits die Kontrolle über China und Korea hatte, auch Japan einzunehmen und landete in Kyushu; die Mongolen waren jedoch beide Male erfolglos. Die Invasionen forderten höchsten Einsatz der Hojo, der u. a. dazu führte, dass sie die Daimyos für ihre Unterstützung bei den Kämpfen nicht mehr entlohnen konnten. Misswirtschaft und Streitigkeiten unter den Hojo ermöglichten es Kaiser Godaigo zusammen mit abtrünnigen Daimyos, insbesondere mit Ashikaga Takauji, dem Oberhaupt der Ashikaga, eine Rebellion gegen die Hojo durchzuführen. Die Revolte, auch Kemmu-Restauration genannt, gipfelte 1333 in der Eroberung von Kyoto und Kamakura. Dies bedeutete zugleich das Ende des Kamakura-Schogunats und den Untergang der Hojo, deren Führer Selbstmord begingen.

Die Ashikaga-Schogune waren jedoch nie in der Lage, absolute Kontrolle über die mächtigen Daimyos auszuüben. Der dritte Ashikaga-Schogun, Yoshimitsu, galt sowohl als kraftvoller politischer Führer wie auch als Förderer des No-Dramas von Zeami. Seine Nachfolger waren große Kunstmäzene und hatten ein eher geringes Interesse an den Staatsgeschäften. Im Allgemeinen lässt sich die Periode des Aufstiegs der Ashikaga daher als Zeit der Verfeinerung der Sitten sowie eine Periode großer künstlerischer und literarischer Werke bezeichnen. In dieser Phase erhielt auch der Buddhismus als politische Kraft großen Aufschwung. Während einiger Jahrhunderte waren die buddhistischen Klöster so wohlhabend und einflussreich, dass sie eine bedeutende Macht im Lande darstellten. Buddhistische Mönche und Laienbrüder standen gelegentlich sogar in Rüstung und trugen Waffen, weshalb sie am Ausgang einiger Schlachten maßgeblich beteiligt waren. Der Einfluss der Ashikaga auf das politische Geschehen sank mit der Zeit drastisch, was in innerfamiliären Streitigkeiten, der verschlechterten Beziehung zum Kaiserhof und der mangelnden Kontrolle der immer selbständiger werdenden Daimyos begründet war.

Allmählich wurden in der Folgezeit auch äußere Einflüsse auf die Kultur Japans wirksam, die mit der Landung portugiesischer Händler als den ersten Europäern in Japan (auf einer Insel vor Kyushu) im Jahr 1542 ihren Anfang nahmen. Ihre Feuerwaffen (Musketen) wurden von den einheimischen Handwerkern nachgebaut und die japanische Kriegsführung erfuhr – jedoch zeitlich verzögert – einen deutlichen Wandel. Auch die Religion wurde beeinflusst, nachdem Franz Xaver, ein jesuitischer Missionar, 1549 das Christentum nach Japan brachte.

Der letzte Ashikaga-Schogun dankte 1588 ab, aber Hideyoshi war bereits zuvor faktischer Herrscher. Er sicherte seine Herrschaft durch eine streng systematische Verwaltung ab. Das Land wurde vermessen und die Besteuerung auf der Basis des Reisertrags bemessen. Die Bauern wurden in die Dörfer verwiesen und entwaffnet. Da er überzeugt war, dass das Christentum sein Regime bedrohte, begann er mit der Verfolgung japanischer Christen. Es gelang ihm jedoch nicht, eine komplette Kontrolle über die nach wie vor mächtigen Daimyos zu erhalten. Des Weiteren führte sein offensichtlicher Größenwahn zu sinnlosen und zerstörerischen Invasionen in Korea (1592 und 1597) und zum erzwungenen Selbstmord seines bekannten Teemeisters Sen no Rikyu. Hideyoshi erkrankte und starb 1598; seine Vasallen brachen den Treueschwur zu seinem minderjährigen Sohn schon bald darauf und kämpften um die Nachfolge. Schließlich besiegte 1600 Tokugawa Ieyasu seine Rivalen in der Schlacht von Sekigahara, an der alle übrigen Daimyos teilgenommen hatten. Er wurde damit zum unumstrittenen Herrscher über das ganze Land und beendete das Interregnum.

Die wohl wichtigste Regelung Ieyasus war das so genannte bakuhan-System, durch das die Lehen der Daimyos (han) und die Daimyos selbst sowie der Kaiser und sein Hofstaat einer strengen Kontrolle durch den Schogun unterstellt wurden. Die Daimyos blieben zwar oberste Herrscher über ihre Lehen, mussten dem Tokugawa aber die Treue schwören. Darüber hinaus waren sie verpflichtet, sich jedes zweite Jahr am Regierungssitz des Schogun – also in Edo – persönlich aufzuhalten, sowie im jeweils anderen Jahr an ihren Lehnssitz zu ziehen, ihre Familien jedoch als eine Art „Geiseln“ in Edo zu lassen. Dies band die Daimyos sehr eng an den Schogun und erstickte jeden aufkommenden Aufruhr im Keim.

Die Landkonfiszierungen nach der Schlacht von Sekigahara hatten die Tokugawa zur reichsten Familie unter den Daimyos gemacht. Sie besaßen nun knapp ein Viertel der Landfläche Japans, entweder unmittelbar oder oder über eng vertraute Vasallen. Die Daimyos wurden entsprechend ihrem Verwandtschaftsgrad mit dem Tokugawa oder aufgrund ihrer Taten bei Sekigahara eingeschätzt und diejenigen, die man am ehesten eines Aufruhrs gegen den Schogun verdächtigte, etwa die Lehnsherren der im Westen gelegenen Gebiete Satsuma und Choshu, unterstanden der Kontrolle durch andere, strategisch günstig platzierte, sehr loyale Lehnsherren.
Die Macht des Schoguns wurde weiter ausgedehnt; er konnte nun den nachfolgenden Daimyo auf seinem Lehen selbst bestimmen oder diesen nach Wunsch entlassen.

Die Gesellschaft unterteilte sich damals streng in vier soziale Klassen: die Krieger (Samurai), die Bauern, die Handwerker und die Kaufleute. Die Samurai wurden aus dem Land abgezogen und in befestigten Burgstädten untergebracht, während die Bauern in Gruppen mit wechselnder Verantwortung organisiert waren und bestimmte Reismengen als eine Art Steuer an ihre Herren abliefern mussten. Diese von Ieyasu und seinen Nachfolgern eingerichtete Form des Feudalismus galt bis zum Ende der Feudalzeit in der Mitte des 19. Jahrhunderts.

Während der folgenden beiden Jahrhunderte blieben die Formen des japanischen Feudalismus statisch, und es kam kaum zu inneren Veränderungen. Bushido, der Kodex der Feudalritter, wurde zum Standard für die großen Daimyos und die Klasse der Samurai, die ihren Herren als Beschützer und Verwalter dienten. Trotz der Abschirmung von außen war die Edo-Zeit eine Periode der Blütezeit von Kunst, Literatur und Wissenschaft. Die Wirtschaft florierte vor allem in den Städten und brachte der Bevölkerung Reichtum und Wohlstand. Kulturelle Aktivitäten waren hoch angesehen, Kunst, Musik und Theater gehörten zum Alltag. Das Kabuki-Theater erlebte seine Hochphase, die Malerei war maßgeblich von der durch Honami Koetsu begründeten Schule und dem Ukiyo-e-Stil geprägt. Später folgten die berühmten Bilder von Hokusai und Hiroshige, die jedoch trotz der romantischen Landschaftsdarstellungen bereits zur Zeit des Niedergangs der Edo-Zeit entstanden. In der Literatur gehörten Ihara Saikaku, Chikamatsu Monzaemon und Basho zu den wichtigsten Vertretern. Der Konfuzianismus wurde zur neuen Ideologie der Regierung. Ein Gegengewicht zu dieser Entwicklung bildete das aufkommende Interesse an den ursprünglichen japanischen Traditionen, insbesondere am Shintoismus. Diese Tendenzen verkörpert besonders die Ideologie von Motoori Norinaga, der eine neue Welle des prokaiserlichen Nationalismus auslöste.
Während des 18. Jahrhunderts deuteten neue soziale und wirtschaftliche Verhältnisse auf den Inseln bereits den unvermeidlichen Niedergang des rigiden Feudalismus an. Die Bevölkerung wuchs schnell, und die Beschränktheit der landwirtschaftlichen Ressourcen wurde immer deutlicher, weshalb teilweise Nahrungsmittelrationierungen für die bäuerliche Bevölkerung angeordnet wurden – was jedoch ab 1730 zu Aufständen führte. Verarmte Bauern flohen in die Städte, besitzlose Samurai bildeten die neue Schicht der Ronin. Der Handel und die Geldwirtschaft gewannen zunehmend an Bedeutung. Eine große, wohlhabende Schicht von Kaufleuten erlangte bald großen sozialen und indirekt auch politischen Einfluss, obwohl sie sich eigentlich am unteren Ende der formalen Tokugawa-Hierarchie befand. Im 18. Jahrhundert war Edo mit einer Million Einwohnern die größte Stadt der Welt und Zentrum einer der fortgeschrittensten und blühendsten Wirtschaften der vorindustriellen Welt. 

Die USA waren besonders an einem Freundschaftsvertrag und, wenn möglich, einem Handelsabkommen mit Japan interessiert. Der Grund für diese amerikanische Politik war einerseits die erwünschte Freilassung amerikanischer Walfänger, die auf ihren Schiffen nahe der japanischen Küste festgehalten wurden, sowie andererseits die geforderte Öffnung der japanischen Märkte. 1853 entsandte die amerikanische Regierung eine offizielle Mission zum japanischen Kaiser. Diese (zweite amerikanische) Gesandtschaft wurde von Kommodore Matthew Calbraith Perry angeführt, der in langen Verhandlungen am 31. März 1854 mit der Unterzeichnung des Vertrags von Kanagawa ein Handelsabkommen zwischen Japan und den USA erreichte. Ein weiterer Vertrag wurde unter Führung von Townsend Harris 1858 geschlossen. 1860 sandten die Japaner eine Mission in die Vereinigten Staaten, und zwei Jahre später besuchten japanische Handelsmissionen die europäischen Hauptstädte, um offizielle Handelsvereinbarungen auch mit anderen Ländern zu treffen.

Japan öffnete sich eher auf Drängen der westlichen Mächte als aus eigenem Wunsch dem Ausland. Der Abschluss der Verträge, die den westlichen Nationen beträchtliche Privilegien einschließlich der Exterritorialität zusicherten, wurde innerhalb Teilen Japans als Schwäche des Schoguns ausgelegt. Die japanischen Kriegsherren, durch altmodische Waffen benachteiligt, waren von der militärischen Ausrüstung der Ausländer beeindruckt und wagten zunächst keinen Widerspruch. Dennoch entwickelte sich sehr bald eine militante ausländerfeindliche Fraktion, die besonders in der Zeit um 1860 teilweise auch Angriffe auf ausländische Händler ausübte. Die Anführer der ausländerfeindlichen Bewegung waren junge Samurai aus Satsuma, Choshu und den anderen großen Lehnsstaaten, die immer gegen die Rolle der Tokugawa in Edo opponiert hatten und mit prokaiserlichen Ideologien sympathisierten. Ihr antiwestlicher Patriotismus unter dem Motto sonno joi („Es lebe der Kaiser, Schluss mit der Barbarei“) hatte die Wiedereinsetzung des Kaisers und die Abschaffung des Schogunats zum Ziel.

Sie gewannen den Kaiser in Kyoto zur Unterstützung ihrer Ziele und organisierten militärische Angriffe und Attacken auf ausländische Schiffe in den japanischen Häfen. Die Bemühungen des Schoguns, diese Übergriffe – etwa die von Ii Naosuke angeführte Säuberungsaktion Ansei – zu stoppen, verliefen ergebnislos. Die fremdenfeindliche Bewegung war jedoch nur von kurzer Dauer. Sie endete in den Jahren 1863/64, nachdem westliche Kriegsschiffe die Städte Kagoshima bzw. Shimonoseki in einem Rückzugsgefecht bombardiert hatten.

Trotzdem hielt eine gegen den Schogun gerichtete Stimmung im Land an. Choshu wurde 1864 von prokaiserlichen Samurai regiert, und ein Vorstoß des Schoguns zur Befriedung dieser Region endete 1866 erfolglos. Sowohl das Schogunat als auch die Lehnsherren (Daimyos) importierten westliche Waffen und die zugehörige Technik und sprachen sich für neue Regierungsstrukturen aus, um der offensichtlichen imperialistischen Bedrohung begegnen zu können. Nach einem Kompromiss trat der letzte Schogun, Tokugawa Yoshinobu, Ende 1867 zurück; er sah für sich selbst jedoch in einer neuen Koalition mit den Daimyos eine hohe Position vor. Dieser letzte Versuch, das Schogunat noch zu retten, endete mit der Belagerung des Kaiserpalastes in Kyoto am 3. Januar 1868 durch prokaiserliche Radikale. Sie riefen die absolute Monarchie aus, und der Schogun trat offiziell zurück. 

Unter der Herrschaft der Meiji blieb Japan vom europäischen Imperialismus verschont, der zu dieser Zeit andere asiatische Länder beherrschte, und verzichtete selbst auf kolonialistische Bestrebungen. Die Japaner kopierten westliche Staatssysteme relativ detailgetreu; ihr Ziel war es, Japan zu einer Weltmacht zu machen. Es galt der Kernsatz fukoku kyohei („Das Land bereichern und die Armee stärken“). Französische Offiziere wurden eingestellt, um die Armee neu zu organisieren, britische Seeleute strukturierten die Marine um, und niederländische Ingenieure überwachten die neuen Anlagen auf den Inseln. Die Japaner wurden ins Ausland geschickt, um fremde Regierungssysteme zu analysieren und deren positive Errungenschaften in Japan einzuführen. Ein neues Strafgesetz wurde in Anlehnung an das französische erlassen. Ein Erziehungsministerium wurde 1871 eingerichtet, um ein allgemeines Erziehungssystem zu etablieren, das auf dem Vorbild der Vereinigten Staaten basierte, auch wenn dieses der Vermittlung einer nationalistischen prokaiserlichen Ideologie dienen sollte, die sich aus dem Shintoismus ableitete. Die rasante Industrialisierung fand unter der Kontrolle der Regierung statt. Die allgemeine Wehrpflicht wurde 1872 eingeführt, und vier Jahre später erfolgte kraft eines kaiserlichen Dekrets die Abschaffung der Samurai. Dies führte beim Satsuma-Aufstand von 1877 zu einer tragischen Konfrontation zwischen den Wehrpflichtigen und den Samurai und endete mit dem Rebellentod des Samurai Saigo Takamori. Weitere Neuerungen waren die Schaffung eines modernen Postwesens, die Einführung des gregorianischen Kalenders (1873) und der Bau der ersten Eisenbahn.

Die Änderungen im politischen System Japans wurden von oben durch die Oligarchie der Choshu und Satsuma auferlegt und waren nicht das Ergebnis politischer Forderungen aus dem Volk. Die Bauern trugen nach wie vor die größte Steuerlast, und die Reisaufstände dauerten bis in das 20. Jahrhundert hinein an. Dennoch stärkte die konstitutionelle Regierung das Land und verbesserte Japans Position in der Welt. 1881 kam der Vorschlag auf, ein nationales Parlament einzurichten, der vom Kaiser als formales Versprechen aufgenommen wurde. 1884 wurde ein Vorläufer des heutigen Oberhauses mit einer Adelsriege aus fünf verschiedenen Rängen eingerichtet. Nach deutschem Vorbild wurde 1885 ein Kabinett erstellt, dessen erster Ministerpräsident Ito Hirobumi war. Der Geheime Rat entstand 1888. Beide Gremien waren dem Kaiser gegenüber rechenschaftspflichtig. Die neue Verfassung, von Marquis Ito im Wesentlichen nach dem Vorbild Preußens ausgearbeitet, wurde 1889 erlassen. Das Zweikammerparlament sollte aus einem Oberhaus mit 363 Mitgliedern und einem Unterhaus mit 463 Mitgliedern bestehen, welche von jenen Bürgern gewählt werden durften, deren jährliche Steuerzahlungen 15 Yen überstiegen. Die Macht des Kaisers wurde sorgsam bewahrt. Er durfte Gesetze per Dekret erlassen und war der Einzige, der Kriegserklärungen erlassen oder die Einstellung von Kriegshandlungen befehlen konnte. Darüber hinaus konnte das Unterhaus durch kaiserlichen Erlass aufgelöst und das Oberhaus vertagt werden. Die Verfassung bot größere Freiheit als das Tokugawa-System und sicherte erstmals das Privateigentum. Auch für politisch Andersdenkende gab es einen größeren Spielraum, aber die Grenzen der Exekutivgewalten blieben unklar. Spätere Verfassungsänderungen lösten die Ministerposten für Armee und Marine auf und richteten stattdessen die Positionen für Ministerialbeamte ein. Das Militär behielt für die Kabinettsbildung ein Vetorecht und blieb als einflussreiche politische Macht im Hintergrund.
In der Außenpolitik verfolgte Japan expansionistische Ziele. 1879 besetzte es die Ryukyu-Inseln, die seit 1609 unter japanischem Protektorat standen, und unterstellte diese der Präfektur von Okinawa. Der Kampf um die Kontrolle in Korea war der nächste Expansionsschritt; dieser führte zum Konflikt mit China und in der Folge zum Chinesisch-Japanischen Krieg (1894/95), in dem die modernisierten japanischen Streitkräfte die chinesische Armee und Marine nach kurzer Zeit besiegten. Im Frieden von Shimonoseki, der im April 1895 geschlossen wurde, trat China die Insel Taiwan (Formosa) und die Pescadores-Inseln an Japan ab und entrichtete umfangreiche Kompensationszahlungen. Der Vertrag sah ursprünglich auch die Übergabe der Liaodong-Halbinsel (südliche Mandschurei) an Japan vor, aber auf Intervention Russlands, Frankreichs und Deutschlands musste Japan stattdessen weitere Ausgleichszahlungen akzeptieren.

Der rasche und überlegene Sieg in Korea verdeutlichte der restlichen Welt die Existenz einer neuen militärischen Macht in Ostasien. Im Vorfeld zu den Verhandlungen über eine volle Gleichberechtigung mit den anderen Großmächten hatte Japan 1890 seine Gesetze zum Strafrecht, zum bürgerlichen Recht und zum Handel vollständig überarbeitet und nach westlichen Modellen ausgerichtet. Auf diese Weise konnte das Kaiserreich die Zurücknahme der Exterritorial-Klauseln aus den Verträgen mit Japan fordern, was bis 1899 von allen Großmächten akzeptiert wurde. 1894 öffnete sich Japan dem freien Handel mit den Vereinigten Staaten und Großbritannien.

1904, nach mehrmaligen erfolglosen Verhandlungsversuchen, brach Japan die diplomatischen Beziehungen mit Russland ab und griff den von Russland gepachteten Hafen Port Arthur (heute ein Teil von Dalian) in der südwestlichen Mandschurei an. Damit begann der Russisch-Japanische Krieg. Japan gewann diesen zweiten Krieg seiner Neuzeit in weniger als 18 Monaten und besiegte zur Überraschung aller unbeteiligten westlichen Staaten das flächenmäßig weitaus größere Russland. Der Friedensvertrag, durch US-Präsident Theodore Roosevelt vermittelt, wurde in Portsmouth (New Hampshire) am 5. September 1905 unterzeichnet. Japan erhielt die Halbinsel Liaodong zur Pacht zunächst bis zum Jahr 1923 (der Pachtvertrag wurde später bis 1997 verlängert) sowie das Territorium von Guangdong (Kwangtung) und die Südhälfte von Sachalin, später unter dem Namen Karafuto bekannt. Darüber hinaus erkannte Russland das wichtige Interesse Japans in Korea an, das schnell zur japanischen Vorherrschaft in diesem Raum führte. Fünf Jahre später (1910) wurde Korea offiziell von Japan annektiert und erhielt den Namen Chosen.

Die japanisch-amerikanischen Beziehungen waren seit einigen Jahren wegen Problemen im Bereich japanischer Emigration nach Amerika unterkühlt. Tausende Japaner waren in die Vereinigten Staaten emigriert, und die Amerikaner forderten, den Japanern die Einwanderungserlaubnis zu verweigern, ähnlich wie bei den Chinesen durch die Ausschlussklauseln aus den Jahren 1882, 1892 und 1902. Diese inneramerikanische Bewegung wurde von den Gewerkschaften angeführt, weil die japanischen Arbeitskräfte sich bereit erklärten, für weniger Lohn und mit längeren Arbeitszeiten zu arbeiten, als dies der Politik der Gewerkschaften entsprach. Offizielle Proteste gegen die Behandlung der Japaner wurden vom japanischen Botschafter in Washington im Jahr 1906 überbracht, und nach einigen Verhandlungen schlossen Japan und die Vereinigten Staaten 1908 eine Art Höflichkeitsvereinbarung. Durch diesen außergewöhnlichen Pakt, der 1911 bestätigt wurde, stimmte Japan zu, dass den japanischen Arbeitskräften die Einwanderung vorenthalten wurde, während die Vereinigten Staaten versicherten, keine antijapanischen Gesetze zu erlassen. Das Problem wurde jedoch nie wirklich gelöst und trug in Japan zu einigen Ressentiments gegen die Amerikaner bei, die sich in den folgenden drei Jahrzehnten noch verstärken sollten.

Durch die Übergabe von Shandong und die Unterzeichnung des Neunmächtevertrags demonstrierte Japan seine versöhnliche Haltung gegenüber China. Dennoch wurden die kommerziellen Interessen Japans in China nach wie vor als Machtmittel gegenüber China empfunden. Die russisch-japanischen Beziehungen, die seit der Russischen Revolution von 1917 und der darauf folgenden Invasion in Sibirien und im Norden Sachalins durch die Japaner (1918) angespannt waren, wurden etwas freundlicher, nachdem Japan die Sowjetunion 1925 offiziell anerkannt hatte. Diese versöhnliche Haltung vonseiten Japans war auf einen politischen Liberalismus zurückzuführen, der nach dem Sieg der demokratischen Staaten im 1. Weltkrieg aufkam.

Der erste Ministerpräsident aus einer der aufkommenden politischen Parteien, Hara Takashi, übernahm 1918 das Amt, und trotz seiner Ermordung im Jahr 1921 gilt diese Periode auch heute noch als erste Experimentierphase der Demokratie. Mit dem Jahr 1919 wurden die Forderungen nach einem allgemeinen Wahlrecht für Männer immer lauter, das Thema führte in den Städten sogar zu sporadischen Aufständen. Die Antwort der Regierung auf diese Forderungen erging 1919, als eine Reform die Wählerschaft verdoppelte (auf drei Millionen). 1923 wurden die Gebiete um Tokyo und Yokohama durch das große Erdbeben der Kanto-Ebene zerstört, aber die innere Kraft der neuen Industriegesellschaft zeigte sich in der enormen Geschwindigkeit des Wiederaufbaus. Die demokratischen Proteste wurden immer stärker, was schließlich dazu führte, dass man 1925 das allgemeine Wahlrecht für Männer einführte. Die wahlberechtigte Bevölkerung stieg damit sprunghaft auf 14 Millionen an, und 1928 fanden erstmals freie Wahlen des Reichstages statt. Durch das zunehmende Interesse an einer Volksregierung wandte sich der politische Trend in den zwanziger Jahren weg von der Herrschaft der Oligarchie des Adels, Militärs und der so genannten Altherrenriege hin zu einem von Parteien bestimmten Kabinett. Diese Bewegung war jedoch nur von kurzer Dauer. 

Als Resultat der Besetzung der Mandschurei löste sich das Parteiensystem in Japan langsam auf. Radikale Rechte terrorisierten und ermordeten mehrere Politiker und der Graf Saito Makoto bildete ein so genanntes Nationales Kabinett, das überwiegend aus parteilosen Männern bestand. Die internationalen Auswirkungen der Vorfälle in der Mandschurei bewirkten eine Untersuchung durch eine Kommission des Völkerbundes, die durch den Briand-Kellogg-Pakt besiegelt wurde. 1933, als der Völkerbund Japan zur Einstellung der Feindseligkeiten gegen China aufforderte, kündigte Japan seinen Austritt an, der 1935 in Kraft trat. Eine Fortsetzung der expansionistischen Politik hatte die Landung japanischer Truppen in Shanghai zur Folge, die dort einen Boykott Chinas gegen japanische Produkte niederzuschlagen versuchten. Im Norden besetzte und annektierte die japanisch-mandschurische Armee die (damalige) Provinz Jehol und drohte damit, die Städte Peking und Tientsin ebenfalls zu erobern. Da China den überlegenen japanischen Streitkräften nichts entgegensetzen konnte, erkannte es im Mai 1933 die japanischen Eroberungen durch Unterzeichnung eines Waffenstillstandspaktes an.

Die eigenständigen Aktionen der Armee verdeutlichten die Macht der militärischen Führer in der japanischen Politik immer mehr. 1936, nachdem ein Staatsstreich Tokyo in die Hände der Militärs gebracht hatte, unterzeichnete das Kaiserreich einen antikommunistischen Pakt mit Deutschland (den so genannten Antikominternpakt) und ein Jahr später ein ähnliches Abkommen mit Italien. Die Errichtung einer beinahe vollständigen Militärherrschaft in Zusammenarbeit mit den Zaibatsu (Industriellenfamilien) öffnete der aggressiven und expansionistischen Politik im japanischen Kaiserreich Tür und Tor. 

Die japanische Führung war unterdessen in ihrer Handlungsfähigkeit eingeschränkt worden, nachdem 1937 das Kabinett unter Vorsitz von Ministerpräsident Konoe Fumimaro die gesamte Kriegsführung direkt der Armee und den Führern der Marine übertrug, womit alle Interventionsmöglichkeiten vonseiten der Regierung unmöglich geworden waren. 

Etwa ein Jahr lang nach den erfolgreichen Überraschungsangriffen konnte Japan die Offensive in Südostasien und auf den Inseln des Pazifik aufrechterhalten. Das Kaiserreich bezeichnete Ostasien und seine Umgebung als den „Großen Ostasiatischen Zusammenschluss“, wo eine „Ostasiatische Wohlstandssphäre“ geschaffen werden sollte, und setzte den Propagandaslogan „Asien den Asiaten“ wirkungsvoll ein. Darüber hinaus gaben die Nationalisten in vielen ostasiatischen Ländern ihr stillschweigendes Einverständnis für die japanischen Aktionen und leisteten teilweise aktive Unterstützung. Diese Länder sahen in der Situation eine Möglichkeit, den Einfluss des westlichen Imperialismus abzuschütteln. Im Dezember 1941 marschierte Japan in Thailand ein und zwang die Regierung zur Unterzeichnung eines Allianzvertrages. Die japanischen Truppen besetzten außerdem Burma, das britische Malaysia, Borneo, Hongkong und Niederländisch-Ostindien. Bis zum Mai 1942 waren auch die Philippinen in japanischer Hand. Auf dem Weg in Richtung Australien und Neuseeland landeten die japanischen Streitkräfte in Neuguinea, Neubritannien (heute ein Teil von Papua-Neuguinea) und auf den Salomonen. Eine japanische Eingreiftruppe besetzte Attu, Agattu und Kiska auf den Alëuten vor der Küste Alaskas. Letztlich wurde der Krieg jedoch zu einem Kampf um die Vorherrschaft im Pazifischen Ozean. 

Am 11. August 1945, nachdem die Japaner die Kapitulation angeboten hatten, wurde Douglas MacArthur zum Oberbefehlshaber der Alliierten (SCAP, Supreme Commander for the Allied Powers) im besetzten Japan ernannt. Die Repräsentanten von China, der UdSSR und Großbritannien bildeten einen alliierten Rat für Japan mit Sitz in Tokyo, um MacArthur zu unterstützen. Die meisten Fragen zur Besatzungspolitik wurden von der Kommission für den Fernen Osten mit Sitz in Washington D.C. behandelt. Die Kommission vertrat die Vereinigten Staaten, Großbritannien, die UdSSR, Australien, China, Frankreich, Indien, Kanada, Neuseeland, die Niederlande und die Philippinen. Gegen einige japanische Politiker und Militärs wurde von einem Tribunal aus elf Nationen wegen Kriegsverbrechen am 3. Mai 1946 in Tokyo der Prozess eröffnet und erst am 12. November 1948 abgeschlossen. 

Der Wiederaufbau der japanischen Wirtschaft war bedeutend schwieriger als die Umstrukturierung der Regierung. Die Lebensmittelknappheit musste durch Importe von alliierter Seite aufgefangen werden, insbesondere aus den Vereinigten Staaten. Durch die schweren Bombenangriffe im Krieg waren die wirtschaftlichen Kapazitäten Japans zerstört. Anfang 1949 kostete die Unterstützung für Japan die Vereinigten Staaten täglich mehr als eine Million US-Dollar.

Anfang Mai 1949 kam es zu Arbeitsniederlegungen in verschiedenen japanischen Industriezweigen, insbesondere im Kohlenbergbau. Die Regierung beschuldigte die Kommunistische Partei Japans (KPJ), die in den Nationalwahlen drei Millionen Stimmen erhalten hatte, die Streiks für politische Zwecke auszunutzen, und auch MacArthur stimmte mit dieser Sicht überein. In der Folge führte die Regierung breit angelegte Untersuchungen gegen die Aktivitäten der Kommunisten durch. Im Juni 1949 wurde MacArthurs Arbeitspolitik scharf von den sowjetischen Mitgliedern des alliierten Kontrollrates kritisiert. In seiner Antwort darauf beschuldigte MacArthur die UdSSR, die Unruhe in Japan durch Unterstützung der Kommunistischen Partei zu schüren und sich bei der Forderung nach Freilassung japanischer Kriegsgefangener unbarmherzig zu verhalten. In den nächsten Jahren waren der Kommunismus und die Repatriierung (Rückführung Kriegsgefangener) die zentralen Themen der nationalen Politik. Die Sowjetunion kündigte im April 1950 an, dass mit Ausnahme von 10 000 Straffälligen alle Kriegsgefangenen (insgesamt fast 95 000) nach Japan zurückkehren dürften. Nach japanischen Angaben befanden sich dagegen noch mehr als 300 000 Kriegsgefangene in der UdSSR.
Die Verhandlungen zwischen den Alliierten im Jahr 1950 über einen Friedensvertrag mit Japan waren von großen Differenzen zwischen den Vereinigten Staaten und der Sowjetunion gekennzeichnet; insbesondere zur Frage, ob China am Entwurf des Dokuments teilnehmen solle oder nicht. Im Mai wurde der amerikanische Politiker John Foster Dulles, Ratgeber des US-Außenministers, mit der Vorbereitung des Vertrags beauftragt. Nach einjährigen Konsultationen und Verhandlungen zwischen und unter den alliierten Mächten, Japan und jenen Nationen des Fernen Ostens, die gegen Japan gekämpft hatten, wurde am 12. Juli 1951 ein Vertragsentwurf veröffentlicht. Die UdSSR war der Auffassung, dass das Dokument neuem japanischem Militarismus Vorschub leiste. Die US-Regierung lud 55 Länder zur Friedenskonferenz ein. Nationalchina (Taiwan) und die Volksrepublik China wurden nicht eingeladen.

Die Friedenskonferenz begann Anfang September in San Francisco. Von den eingeladenen Nationen verweigerten lediglich Indien, Birma und Jugoslawien die Teilnahme. Während der Konferenz war die Diskussion auf den bereits vorbereiteten Vertragsentwurf beschränkt. Damit wurde verhindert, dass die Sowjetunion die Verhandlungen auf breiter Ebene wieder eröffnete. Der Friedensvertrag von San Francisco wurde schließlich von 49 Staaten – mit Ausnahme der UdSSR, der Tschechoslowakei und Polens – unterzeichnet.

In der Zwischenzeit war MacArthur seines Amtes als SCAP im April 1951 enthoben worden. Leutnant General Matthew Bunker Ridgway, damals Kommandeur der UN-Streitkräfte in Korea, wurde sein Nachfolger. Die Vereinigten Staaten stellten die Wirtschaftshilfe für Japan Ende Juni ein, doch der nachteilige Effekt dieser Aktion auf die japanische Wirtschaft wurde durch die Nachschubbestellungen für den gerade ausgebrochenen Koreakrieg aufgehoben. Die wirtschaftlichen Probleme des Landes resultierten außer in den direkten Zerstörungen überwiegend aus dem durch den Krieg entstandenen Verlust der Märkte in Übersee und insbesondere auf dem chinesischen Festland. Aus diesem Grund gestanden die Vereinigten Staaten Japan im Oktober das Recht zum begrenzten Handel mit China zu.

Am 28. April 1952 trat der japanische Friedensvertrag in Kraft; nach dem Abzug der alliierten Truppen war damit die volle Souveränität Japans wieder hergestellt. Laut dem japanisch-amerikanischen Vertrag von 1951 blieben die US-Truppen als Sicherheitskräfte in Japan. Die japanische Regierung schloss während des Jahres 1952 neue Friedensverträge bzw. erwirkte eine Aufnahme neuer diplomatischer Beziehungen mit Taiwan, Birma, Indien und Jugoslawien.
Die Frage der Wiederaufrüstung wurde 1952 ebenfalls auf breiter Ebene diskutiert. Die Regierung verhielt sich in der Frage des Wiederaufbaus der Verteidigung eher zurückhaltend, hauptsächlich wegen der wirtschaftlichen Schwierigkeiten und gesetzlicher Hindernisse (in der japanischen Verfassung von 1947 wurde „für immer“ auf den Krieg verzichtet).

Nach einer heftigen Parlamentsdebatte im Juli 1952 wurde ein Gesetz verabschiedet, das die subversiven Aktivitäten organisierter Gruppen verhindern sollte, einschließlich der Kommunisten. Die Kommunistische Partei selbst wurde jedoch noch nicht verboten. Am 1. Oktober kam es zu den ersten allgemeinen Parlamentswahlen. Yoshida Shigeru, der Parteiführer der Liberalen, der bereits seit 1949 dem Kabinett vorstand, wurde zum ersten Ministerpräsidenten nach der Besatzungszeit ernannt. 

 

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